Nel 1863, anno d’inizio del regolare funzionamento del Seminario Lombardo, ricorreva il terzo centenario dalla XXIII Sessione del Concilio di Trento, in cui venne emanato il decreto che imponeva la istituzione, per ogni singola diocesi, di un Seminario «perché in esso fosse nutrito, religiosamente educato e istruito nelle discipline ecclesiastiche un certo numero di giovani “da avviarsi allo stato ecclesiastico”. Decisero altresì i Padri del Concilio di Trento che ad esso soprattutto fossero scelti i figli dei poveri, senza escludere però i figli dei più abbienti, purché si mantenessero a loro spese e mostrassero disposizione a servire a Dio ed alla Chiesa». (De reformatione, can. XVIII). I legati, dando quasi una interpretazione autentica al decreto, scrissero il 26 luglio al Cardinale nipote di Pio IV, Carlo Borromeo, indicando per prima cosa la istituzione di un Seminario a Roma quale esempio e modello alla Chiesa universale, e poi, in secondo luogo, la istituzione di Seminari nelle singole diocesi. L’attuazione del decreto tridentino avvenne gradualmente, anche perché non pochi vescovi si opposero all’istituzione del Seminario, temendo un aggravio delle spese diocesane o una diminuzione delle entrate dei benefici ecclesiastici. A Roma il decreto trovò immediata applicazione. Papa Pio IV istituì il Seminario Romano, affidandolo alla direzione dei Gesuiti. Da Roma l’esempio si diffuse lentamente, ma progressivamente, nelle diocesi italiane ed europee. Nel clima di rinnovamento ecclesiale suscitato dal Concilio di Trento e dall’azione pastorale di san Carlo Borromeo, maturò anche nelle diocesi lombarde la convinzione della necessità di una formazione sacerdotale più solida e qualificata. Nel 1854 i Vescovi della Lombardia decisero di fondare a Roma un Collegio per i giovani chierici più promettenti delle loro diocesi, affinché potessero completare la loro formazione presso le Università Pontificie e vivere un’esperienza ecclesiale più ampia, a diretto contatto con la Sede Apostolica. Il nuovo Collegio Lombardo fu inizialmente ospitato presso la chiesa di San Carlo al Corso. L’iniziativa rispondeva a un duplice obiettivo: offrire una preparazione culturale e spirituale di alto livello e favorire una comunione più stretta tra le Chiese lombarde e il Papa. Gli eventi politici del 1870, con la presa di Roma, determinarono la sospensione dell’attività del Collegio e la dispersione degli alunni. Tuttavia, il progetto non venne abbandonato. Nel 1878, grazie all’interessamento del Cardinale Edoardo Borromeo e al favore di Papa Leone XIII, il Collegio poté riaprire e assumere una fisionomia più stabile. Con il Breve In supremo, datato 15 dicembre 1890, Papa Leone XIII eresse ufficialmente il Pontificio Seminario Lombardo dei Santi Ambrogio e Carlo, conferendogli lo статус giuridico di Seminario secondo il diritto canonico. Il Seminario veniva così riconosciuto come istituzione ecclesiastica destinata ad accogliere presbiteri delle diocesi lombarde, inviati a Roma dai rispettivi Vescovi per una specializzazione negli studi e per un perfezionamento spirituale e pastorale.